El conocimiento de la biodiversidad presente en el APFF es heterogéneo: mientras que para vertebrados y algunas plantas vasculares se tienen listas preliminares incompletas, en el caso de los invertebrados, que concentran la mayor diversidad biológica, no se cuenta con ningún estudio o registros publicados. La diversidad y proporción de endemismos conocidas para el estado y para la Mixteca Oaxaqueña de varios grupos taxonómicos, tanto de plantas como de animales, hacen que su estudio sea relevante y prioritario. La región presenta en su mayor parte vegetación de selva baja caducifolia, la cual es importante para México por sus endemismos y por ser el segundo ambiente más extenso en el país, después del matorral xerófilo. El APFF Boquerón de Tonalá está ubicada en la región de la Mixteca, que se encuentra en el noreste de Oaxaca y pertenece a la Depresión del Balsas en su porción más sureña.